Скажу по опыту:
На винде лагов меньше(может быть особенность JVM), но памяти жрет просто немеряно.
На линуксе производительность на капелюшечку меньше, но работает как часы и не так сильно жрет память.
Новый деб использовать бы не рекомендовал, есть дыра и эксплойты на любое ядро младше 2.6.5