Проблема в том, что ты где-то ручками в текстовом редакторе поправил свой файлиг plugin.yml и он при первой попытке экспорта в jar жалуется на то, что файл необновлён для него. После второй попытки данная проблема должна исчезнуть сама собой. Перед экспортом плагина делай банальный рефреш проекта.