Для worldedit пропиши инструмент, которым он будет выделять территории.
Инструмент прописывается в строчке
wand-item: (тут пишешь ID любого инструмента).
В итоге получем: территории для резиденса выделяются своим инструментом (как правило деревянным топором), а территории для работы worldedit выделяются инструментом, который ты задашь (я например задавал золотой топор-игроки им все равно не пользуются т.к.он бесполезен).