Мы же вроде с вами все время в контакте по поводу вашего сервера. Я думаю, когда мы разберемся в ситуации, вы полностью согласитесь, что вдски ни в чем не виноваты. Вот, как раз, как я вам и советовал, спросите общественность рубаккита, из-за чего могут быть проблемы, тут много спецов по Java.
Мое мнение - у вас огромная перегрузка сервера плагинами. Просто не было смысла ставить кучу "маленьких прикольненьких плагинов". Я понимаю, как это делается: человек заходит на dev.bukkit.org и находит там много интересного, и сразу же ставит на сервер. Но так нельзя! Нельзя использовать сразу всё и беспечно думать, что не будет проблем. Обязательно какой-нибудь сделанный нубом плагин крашнет серв. В этом случае подходит метод "постепенно убирать плагины и смотреть, в каком проблема". Либо, у вас на серевере уже мог появиться баганный чанк, при входе в который крашит. В этом случае помогает либо вайп, либо поиск и реген чанка.
Вот скажите, вам что, обязательно и безусловно нужен весь этот хлам одновременно?
AlphaChest
AuthMe
AutoMessage
BookExpSecurity
ChatEx
ConsoleScheduler
DisguiseCraft
HealthBar
HeroicDeathPlus
HideStream
Hurt
iChatPlayerList
iConomy
iGates
LokiBlocker
mcore
MultiWorld
PermissionsEx
PlayerDinger
PluginsBaker
PlugMan
ProtocolLib
PTweaks
PvPTime
ruFix
SecurityVillagers
ShelfIt
Skins
TimTheEnchanter
TrophyHeads
Updater
WGPFix
WorldBorder
ChestCommands
Essentials
LagMeter
PvPTimer
ReActions
Scavenger
ServerSigns
plugins
WorldGuard
AntiRelog
PingMOTD
xClans
PluginMetrics
mcMMO
ArenaSpleef
BattleArena
BattlePluginsAPI
AntiBot
FalseBook
AmazeDupe
MobArena
ClearLag
TagAPI
update
NoCheatPlus
CPFix
WorldEdit
ChestShop
ScoreboardStats
LWC
После того, как мы уже пару раз переставляли вдску и джаву, меняли вдску на другую, уже совершенно очевидно, что проблема в сборке.