Плагин обновился сначала до 0.57.2 (багфикс для линукс-серверов), а теперь и до версии 0.58. Теперь в обработчике команд консоли используется тот же алгоритм (отличный алгоритм!) что и в событиях чата. Потестируйте, пожалуйста. Это должно решить самые мистические проблемы, когда все настройки как надо, а не работает.
На своем сервере (1.2.4 RB, Ubuntu) проблем не наблюдаю, но и всяких заковырок типа Censorship не использую

Кстати, почему бы в названии темы не написать что оно для 1.2.4/1.2.5?.. Я не знаю почему написано 11R6+, на самом деле руфикс работает со всеми баккитами со времен 11R1 включительно. Логичнее бы было указывать последнюю версию, а не самую старую с которой работает плагин.