Потому что с 0 расчет. А топ считает с 1.
Ещё можно поиграться с /dev/cpu_dma_latency чтобы отключить intel C states.
А вот и первые проблемы. Дело в том что affinity наследуется всеми тредами созданными из главного потока. А так как главный поток совсем главный, то большинство потоков внутри самой JVM тоже наследуют affinity из-за чего получается что вся java выполняется на ожном ядре. В итоге сейчас наоборот получается только просадка в производительности. Надо как-то цепляться с созданию потоков и выставлять им нужную маску, но проблема в том что это не очнеь быстрое занятие. Так же в принципе помогает установку affinity не на старте сервера, а на пару секунд позже, но это костыль.
Переделал плагин, теперь он выставляет Affinity через 30 секунд после старта, теперь всякие GC треды, и тредпулы которые стартуют сам сервер или другие плагины на старте выполняются на других ядрах. Остались только проблемы с потоками которые стартуют плагины не на запуске, а во время выполнения каких-нибудь эвентов, а также с шедулером, посколько ля асинхронных тасков там используется CachedThreadPool, то есть вероятность поток создастся при добавлении таска, а соответственно произойдёт это в главном оптоке и affinity отнаследуется.
