погоди... смотри, что мне удалось выяснить... я покопался в исходных кодах spigot.
ДАЛЕЕ ПРОШУ МЕНЯ НЕ РУГАТЬ ЕСЛИ Я ОБШИБСЯ ГДЕ ТО И НЕ ДОГЛЯДЕЛ

СТАРАЛСЯ КАК МОГ
Фраза в логе "
Stopping server" выводиться только в методе stop (класс MinecraftServer)
Метод stop вызывается в двух случаях:
1. в главной процедуре сервера run, после сигнала о начале остановки сервера.
2. в процедуре restart (класс RestartCommand).
Пункт два нас не интересует, т.к. перед вызовом метода stop в лог пишется "Attempting to restart with ....". А у тебя в логе там этого нет.
У тебя в логе перед фразой "Stopping server" выводиться фраза "
Stopping the server". Эта фраза выводиться в процедуре execute класса CommandStop. Этот метод (в двух словах) посылает сигнал что пора завершать главный цикл метода run (главная процедура сервера). Это соответствует пункту 1 (см. выше)
Класс CommandStop (опять в двух словах) можно вызвать только командой "stop"
И делается это через метод dispatchCommand, который плагины могут дергать двумя способами:
Server.dispatchCommand( Sender, "stop")
или Player.performCommand("stop"), что равносильно предыдущей строке
Итого, получается два варианта:
1. В каком то плагине зашита команда dispatchCommand( ..., "stop")
2. Плагин использует данные из своих конфигов для подставновки в команду dispatchCommand (например, ChestCommand, Authme, TimedCommands и т.д. и т.п., очень много плагинов существует где в конфигах прописываются команды которые надо выполнить)
Пункт 1 можно попробовать проверить сканированием внутренностей джарок. Искать файлы с расширением *.class где встречаются одновременно два слова "stop" + "dispatchCommand" или "stop" + "performCommand"
Но я думаю, что это маловероятно, что какой то плагин устроил такую заподлянку
Пункт 2 проверить можно путем просмотра конфигов всех плагинов (некоторые могут хранить данные и в базе данных)
Поиск удобно делать программой Total Commander, которая позволяет искать текст внутри других файлов, включая архивы. Также (для пункта 1) можно сначала найти список файлов с первым словом, вывести список на панель, а затем в найденных файлах поискать второе слово.
ЗЫ. Не нападайте на Славика (сто двадцать третьего). Он хороший