Инвентари хранятся в playerdata/<UUID>.dat
Но помимо инвентарем в этих файлах ещё и локация, здоровье, содержимое эндер-сундука и прочее.
Поэтому либо ты удаляешь всё, либо не удаляешь ничего.
Ну, либо заказывай плагин, который будет сбрасывать ненужную информацию