Лично я тоже не понимаю, зачем ты выдаешь права на выполнение команд от имени консоли (или что?).
Объясни ещё разок с чувством и толком - какое право ты выдаёшь и зачем.
Quests, насколько я знаю, довольно популярный плагин, а значит и вероятность, что его нельзя нормально настроить, стремится к нулю. Почитай ещё раз документацию плагина, скорее всего ты что-то упускаешь.
Если тебе вот прям надо удалить команду полностью - вырежи её из plugin.yml внутри джарника плагина. Вот только это максимально плохое решение твоего вопроса, я предупреждаю сразу. Вот так забудешь при следующей обнове удалить команду - сервер поломают. Или наоборот - работа самой команды изменится таким образом, что ты её удалишь, а делать этого не стоило. Короче скользкий путь. Повторюсь ещё раз, что наверняка есть нормальное решение твоего вопроса.