Если есть Lore или Name - то можно просто после какого-то текста добавлять цветовые коды.
К примеру названия двух мечей "&5Супер тесак&1&2&3" и "&5Супер тесак&3&2&1" выглядеть будут одинаково, но по сути - это разные названия. А соответственно можно различать предметы.
Другой вопрос какие плагины как эти разные названия будут воспринимать. С lore такая же история.
Если говорить о моих плагинах, то у меня в процессе переработка механизма описания предметов (они почти во всех моих плагинах описываются одинаково) и что особо важно - этот механизм позволит представить почти любой предмет в виде текстового описания. Т.е. можно будет взять в руки и получить строку для его описания (опять же для моих плагинов, но думаю специально ради такого дела я сделаю специальный плагин который будет содержать в т.ч. и аналог команды /give)