В этом параметре указаны команды которые доступны пользователям.
# If you do not wish to use a permission system, you can define a list of 'player perms' below.
# This list has no effect if you are using a supported permissions system.
# If you are using an unsupported permissions system, simply delete this section.
# Whitelist the commands and permissions you wish to give players by default (everything else is op only).
# These are the permissions without the "essentials." part.
Как понимаю, если мы не хотим использовать систему безопасности плагина essential, а хотим явно указывать разрешённые команды посредством других систем, то предлагают этот список держать пустым и указывать права для команд используя, что-то другое воспользовавшись "essentials." после точки нужную команду.
Так же предупреждают, что на операторов данные разрешения не действуют
