Вот у меня такая же проблема. нигде на этом форуме не нашел ответа.
опишу проблему. создал обычный сервер. решил поставить craftbukkit
все хорошо поставилось, некоторые плагины и тд. но после выключения и повторного запуска обнаружилось,
что мир остался в том состоянии что и до установки craftbukkit.
в общем то выяснил, что дело не в каком то конкретном плагине, а именно craftbukkit (просто не сохраняет изменения)
craftbukkit 1.3.2 r o.1
ранее стоял 1.3.1 r 2.0
