Проверь следующее:
1. В файле bukkit.yml найди spawn-limits, там настрой для monsters сколько мобов будет максимум заспавлено монстров в мире (Если не ошибаюсь), и так же для ticks-per, настрой monster-spawns, значение для monster-spawns это время появление мобов в тиках, 20 тиков = 1 секунда.
2. Если 1 не помогло, тогда в файле spigot.yml, найди mob-spawn-range, значение будет означать радиус в чанках от игрока, где будут спавниться мобы (Слишком большое значение будет нагружать сервер)
Если не поможет, попробуй настроить деспавн мобов, в файле paper-world-defaults, или установи плагин для очистки мобов. (Возможно то что я написал, не то что тебе нужно)