Как вариант, написать скрипт (уже не для сервера), который будет удалять папки Эндера и Ада сразу же после их появления, и перезагружать сервер каждые 2 дня. Т.е. когда сервер генерирует эти миры, он держит их в своём буфере, и сохраняет после выключения. Получится, что сервер генерирует мир, держит его 2 дня в буфере, тем временем в папке сервера этого мира уже не существует, после перезагрузки сервер опять заного генерирует мир ввиду его отсутствия в папке сервера.