Если ты создаешь собственную команду, то указывай её в plugin.yml и обрабатывай в методе onCommand главного класса. Либо можешь зарегистрировать отдельный CommandExecutor, чтобы обрабатывать в отдельном классе.
Если нужно взаимодействовать с командами из других плагинов, то PlayerCommandPreprocessEvent