1. На самом деле ты можешь продолжать пользоваться root пользователем (просто подключи SSH-ключи и не скачивай слитые плагины, по поводу SSH-ключей - можно почитать
тут). Если уж и захотел создать отдельного пользователя и пользоваться только им, то права можно выдать намного проще, через команду
sudo usermod -aG пользователь (абсолютно без понятия, зачем настолько нужно было усложнять выдачу прав).
2. Да, именно от root.
3. Излишки, если не использовать слитые плагины, то опять же, ты можешь продолжить использовать root пользователя, подключив SSH-ключи и запретив вход на сервер по паролю.
Да и вообще, собсна, ты можешь скрыть айпи своей машины (с помощью сторонних сервисов) и тебя даже никто взламывать не будет, т.к. не будет знать цифровой айпи твоей машины.