Скорее всего произошла ошибка во время GZIP декомпрессии файлов карты. Это могло повредить их. А что происходит при повреждении в таких случаях? Правильно, файл восстанавливается. Соответственно мог быть нарушен сид карты (после чего сид карты взялся бы с "server.properties" но только в том случае если он там уже за ранее был вписан до первой регенерации ландшафта которого сид как раз был утерян... В противном случае будет восстановлен произвольный сид карты), и регенерация новых чанков уже выглядела бы по другому, как раз так как вы это описали. Хочу подчеркнуть что при сбоях во время GZIP декомпрессии карты может не только изменятся её сид!
пример регенерации карты по новому сиду который был восстановлен после ошибки:
Все что лезет в декомпрессию карты, может её нарушить (даже сам CraftBukkit к примеру старой версии на карте которую регенели новые версии)! Плагины не исключение, NoLagg тоже мог такое вызвать... (WorldEdit думаю в вашей ситуации нет) Ну и конечно же резкое вырубание сервера...
Проявляется чаще всего это ошибками в консоли при запуске сервера (на что за частую мы не обращаем внимание..) во время загрузки карты, а так же флудом ошибок... (ключевое слово в строке ошибки - "GZIP"). Обычно такая проблема исчезает после перезапуска, а иногда нет (но последствия от этого не избежны). Ну а после может быть сбито место респауна, регенерация уже существующих чанков при их повреждении, каша из чанков на карте взятых с разных сидов, смена биомов и т.д.
Да к стати, изменение сида карты не влияет на уже существующие чанки. Это влияет лишь когда происходит регенерирования новых участков карты...
Да и судя по вашей обстановке, советую вам либо делать вайп, либо смириться с тем что у вас произошло, либо если у вас есть старая копия этого мира, достаньте с копии файл "level.dat" перенесите её в свою поврежденную карту и замените. После замены файла когда запустите сервер выделите WorldEdit'ом те криво прорегенерирование чанки (1-ая, 2-ая точка по диагонали) и пишите:
//expand vert чтобы расширить выделение до предела вверх и вниз, ну и:
//regen если что, то заранее предупреждаю что регенерация довольно таки тяжёлая процедура, и выделать территорию на пол карты положит ваш сервер на долгое время!
