Можно сделать самый простой способ защиты. При нахождении определенного файла от Universal Bypass в rt.jar клиент игрока не пропустит и предложит ему перекачать Java.
Вообще то в УО нету никаких левых файлов. Там идет модификация уже существующих класов. И потом какой то там ubypass.cfg в диске C искать полнейший бред, это каждому нубу понятно что подобную хрень нужно переименовывать и прятать в других директориях. И опять же, через тот же rt.jar я могу вернуть файл нот фоунд даже если файл имеется! Так же и поиск лувых классов затыкается тем же rt.jar. Фишка в том Все ваши проверки идут через rt.jar в нем же и заткаются левые ответы в функциях. Итог, у вас нет шансов профиксить все УО через jar. Это вы еще не знаете силу таких фич как asm и javaassist. С ними можно сдувать жаболаунчеры до бесконечности.