ОС какая? Как Java запускается? Вопросительные знаки в конфиге - из-за того, что Java запустилась (скорее всего) с кодировкой cp1251 (win-кодировка).
У меня Windows 8, вот мой cmd-файл:
Код:
chcp 65001
"%ProgramFiles%\Java\jre7\bin\java.exe" -Dcom.sun.management.jmxremote -Xms1024M -Xmx1024M -Dfile.encoding=UTF-8 -jar craftbukkit.jar
pause
Здесь chcp 65001 переключает консоль в UTF-8 (тогда читать будет нормально), а ключ -Dfile.encoding=UTF-8 указывает Java в какой кодировкой работать с файлами.