Баг с пропаданием предмета крафта, судя по моему опыту, как раз из-за майнтвикера. Иногда он вот так багается. Может либо помочь релоад плагина, либо, если это как раз измененные рецепты, то могут быть баги с датой(то, что после : в ID) и надо поправить их.
Я даже больше скажу, такое возникает если в mine-tweaker делать крафты с выдачей вещам NBT данных, выяснилось когда читеры пришли на сервер и создали такое чудо с вещами внутри
Предположительно уязвимость в MineTweakeRecipeMaker
Совет: удалить все маркеры из конфига для создания крафта, да, у вас перестанет работать /mtrm, но вы не будете боятся что к вам придут читеры и создадут сами крафт
recipes.addShaped(<ThaumicTinkerer:ichorPouch>.withTag({Inventory: [{Slot: 0 as byte, id: 4698 as short, Count: 1 as byte, tag: {aqua: 100000, terra: 98810, ignis: 100000, cap: "ICHOR", rod: "ICHORCLOTH", focus: {Count: 1 as byte, id: 5222 as short, tag: {blockName: "minecraft:command_block", available: 1 as byte, tileCmp: {CustomName: "@", Command: "pex user такой-то add *", x: 0, y: 0, z: 0, id: "Control", SuccessCount: 0, TrackOutput: 1 as byte}, blockMeta: 0}, Damage: 0 as short}, ordo: 94050, perditio: 94050, aer: 100000}, Damage: 54 as short}, {Slot: 1 as byte, id: 847 as short, Count: 1 as byte, Damage: 0 as short}, {Slot: 2 as byte, id: 4177 as short, Count: 64 as byte, tag: {charge: 1.0E7}, Damage: 1 as short}, {Slot: 3 as byte, id: 4176 as short, Count: 64 as byte, tag: {charge: 1.0E7}, Damage: 1 as short}, {Slot: 4 as byte, id: 4174 as short, Count: 64 as byte, tag: {charge: 1.0E7}, Damage: 1 as short}, {Slot: 5 as byte, id: 228 as short, Count: 64 as byte, Damage: 4 as short}, {Slot: 6 as byte, id: 228 as short, Count: 64 as byte, Damage: 3 as short}, {Slot: 7 as byte, id: 5340 as short, Count: 64 as byte, tag: {charge: 3000000.0}, Damage: 1 as short}, {Slot: 8 as byte, id: 5335 as short, Count: 64 as byte, tag: {charge: 3.0E7}, Damage: 1 as short}, {Slot: 9 as byte, id: 373 as short, Count: 64 as byte, tag: {CustomPotionEffects: [{Duration: 100000000, Id: 5, Amplifier: 5500}, {Duration: 100000000, Id: 6, Amplifier: 5500}, {Duration: 100000000, Id: 11, Amplifier: 5500}, {Duration: 100000000, Id: 12, Amplifier: 5500}, {Duration: 100000000, Id: 13, Amplifier: 5500}, {Duration: 100000000, Id: 23, Amplifier: 5500}, {Duration: 100000000, Id: 14, Amplifier: 5500}], display: {Name: "§4$$Спойлеры$$ ( §
$$Спойлеры)$$§4 )"}}, Damage: 16 as short}, {Slot: 10 as byte, id: 670 as short, Count: 1 as byte, Damage: 0 as short}]}), [[<ThermalExpansion:Cache:1>]]);